使用主动串行配置模式对CycloneFPGA进行配置前，必须将配置
文件写入串行配置
器件EPCS。将配置文件写入EPCS的
方法有三种：
（1）在QuartusII的Programmer中，通过专门与EPCS连接的AS下载接口下载.pof文件到EPCS。不同之处在于将下载线连接到AS接口而不是JTAG接口，选择编程文件时是*.pof而不是*.sof。
（2）在QuartusII的Programmer中，使用JTAG接口通过FPGA中间通道间接对EPCS进行编程。
（3）使用NiosIIIDE中的FlashProgrammer对EPCS进行编程。
这里要讲的第一种，是常见的AS方法：
首先就是编译好一个文件以后，就会自动生成.POF和.SOF的文件，SOF当然就是给FPGASRAM调试用的，POF就是给AS下载用的，
打开我们的下载对话框，
选择下载模式
提示一些器件会丢失，因为我们常用的JTAG模式下面的器件会找不到，因此我们直接确定
接下来我们就天剑POF文件
选中编程，校验，就可以点击开始下载了！
下面讲解一种JTAG模式下面的配置方法，转换生成一个JIC（JTAGIndirectConfigurationFile）
在QuartusII界面选择File>ConvertProgrammingFiles，对SOF和POF文件进行转换，
生成各种格式的文件。将SOF配置文件转换为JIC文件的步骤如下(参见图)：
(1)在QuartusII界面中选择File>ConvertProgrammingFiles，打开ConvertProgrammingFiles对话框，参照下图，从Programmingfiletype下拉列表框中选择编程文件的类型为JTAGIndirectConfigurationFile(.jic)。
(2)在Configurationdevice下拉列表框中根据实际设计选择被编程目标器件，对于EP1C3选择EPCS1；EP1C12选择EPCS4。
(3)在Filename文本框中，输入或浏览选择JIC文件名和存放路径。
(4)在Inputfilestoconvert栏中单击FlashLoader，使其高亮。
(5)单击adddevice打开SelectDevice(选择器件)对话框，如图所示。
(6)参照图中选择器件类型和型号。例如器件类型选择Cyclone。
(7)器件型号选择EPlC3，然后单击OK，关闭选择器件对话框。
选择器件
(8)参照图，在Inputfilestoconvert栏中单击SOFData，使其高亮。
(9)单击AddFile打开SelectInputFile(选择输入文件)对话框。
(10)在该对话框中选择要进行转换的SOF文件，然后单击打开按钮。
(11)选择完输入文件后，会在SOFData下面出现要被转换的输入SOF文件，如图所示。单击SOFData下的输入SOF文件使其高亮。
(12)参照图，单击Properties打开SOFFileProperties(SOF文件属性)对话框。（注意SOF选中的时候，才能打开Properties）
通过上面的步骤，即可完成SOF文件到JIC文件的转换。转换后的JIC文件存放到用户指定的路径。
下面我们就使用JlC文件和QuartusIIProgrammer对EPCS编程
在第1)步中已经将SOF文件转换成JIC文件。现在可以利用JIC文件和QuartusII
Programmer对串行配置器件EPCS进行编程。步骤如下：
(1)打开Programmer，选中JTAG模式，确保硬件(下载电缆)已安装，添加要进行编程，
(2)参照下图，选中图中的Program/Configure下的两个复选框；注意，如果有打开的SOF文件，在JTAG烧写JIC的时候，需要先删除掉，
(3)单击户Start开始编程，等待编程完成。
以上的编程过程要确保目标系统的电源打开、下载电缆的连接良好。
利用JTAG配置EPCS芯片的方法
可以不用AS接口，而用JTAG接口配置EPCS器件，具体操作步骤如下：
1.在QuartusII中打开工程，然后编译链接，生成JTAG配置文件.sof；
2.选择File->ConvertProgrammingFiles，调出ConvertProgrammingFiles对话框；
3.Outputprogrammingfile对话栏内，Programmingfiletype选择JTAGIndirectConfigurationFile(.jic)；
4.Configurationdevice选择你所使用的配置芯片，如EPCS16；
5.Filename填写输出文件的名字，如output_file.jic；
6.Inputfilestoconvert对话栏内，选中FlashLoader，点击AddDevice按钮，在弹出对话框中选择你的FPGA芯片，如EP2C35；
7.选中SOFData，点击AddFile按钮，在弹出的资源浏览器中找到并选中编译生成的.sof文件，点击打开按钮；
8.点击Generate按钮生成output_file.jic文件；
9.打开Programmer对话框，选择JTAG模式；
10.点击AddFile按钮，选择output_file.jic文件，并在Program/Configure复选框上打勾；
11.确定链接好JTAG电缆后，点击Start，QuartusII会先配置FPGA，然后再有FPGA烧写配置芯片。
利用这种方法可以在不使用AS接口的情况下完成对配置芯片的烧写，缺点是配置过程时间稍长，且每次配置完之后，要将板卡断电后重新加电，程序才能开始运行。我所使用的FPGA芯片和配置芯片分别是，StratixIIEP2S60和EPCS64，以及CycloneIIEP2C35和EPCS16。
FPGA——下载程序的方法（这里指把程序下载到配置芯片中）
1.无Nios情况下
（1）利用AS口和.pof配置文件
（2）利用JTAG口和.JIC、.JAM文件
2．有Nios情况下
（1）利用AS口和.pof配置文件
操作方法：SOPC_Builder中添加onchip_rom和onchip_ram（或其他RAM）
Nios的cpu内核设置：Reset：onchip_rom
Exception:onchip_ram（或其他RAM）
（2）在NiosIDE中用FlashProgrammer
操作方法：SOPC_Builder中添加EPCS_controller，SDRAM或SRAM
Nios的cpu内核设置：
Reset：EPCS_controller
Exception:SDRAM（或SRAM）
NiosIDE中的设置：stdout:nullstderr:null
programmememory:SDRAM
Quartus软件中下载.sof或.pof文件，选择对应的模式（JTAG，AS）
然后在IDE中Tools——>Flashprogrammer选择你要下载的工程和.sof文件，HardwareImage：Custom运行即可
其中，第一种方法是当用户程序比较小时可以用，当用户程序比较大时，就会超出onchip_ram的容量。
需要注意一点：在Quartus中Assignment》Setting中DeviceandPinOption>Configration,选择ActiveSerial模式，然后选择Flash的型号